भा.प्रौ.सं कानपुर में निदेशालय संस्थान के समग्र कामकाज एवं गतिविधियों की देखरेख के लिए उत्तरदायी प्रशासनिक निकाय है। यह निकाय संस्थान के सुचारू संचालन एवं प्रगति को सुनिश्चित करने के लिए एक केंद्रीय प्राधिकरण के रूप में कार्य करता है।
निदेशालय में निदेशक, उप निदेशक सहित कई प्रमुख पद शामिल हैं जो नीति निर्माण एवं कार्यान्वयन, संसाधनों का प्रबंधन करने और शैक्षणिक एवं प्रशासनिक मानकों को बनाए रखने के लिए एकसाथ कार्य करते हैं। सामान्यत: इन पदों पर संबंधित क्षेत्रों के अनुभवी प्रबुद्ध शिक्षाविदों एवं प्रशासकों को पदस्थ किया जाता है।